Organizační struktura Řádu svatého Huberta ve smyslu platných Stanov ŘsH pro území České republiky vymezuje území, které zhruba kopírují hranice krajů (výjimku tvoří prefektura Krkonoše), které se nazývají prefektury a činnost se členy ŘsH, kteří bydlí na tomto území organizují prefekti, které jmenuje velmistr ŘsH na doporučení Rady mistrů.. Pro ostatní státy, kde máme své členy je takovým správním územím plocha celého státu a v čele stojí velmistrem jmenovaný zemský prefekt.

Označení "prefekt" vychází z latiny, kde slovo "praefectus" označuje: představeného, správce, dozorce nebo velitele. V raném středověku takto byl nazýván správce venkovského hradu, (něco jako pozdější označení  "župan"). V latinských textech můžeme číst toto slovní spojení: "Primus praefectus aulae", což značí "Nejvyšší správce území".

Řádový prefekt, zodpovídá Radě mistrů za činnost členů ŘsH na svém území a za přenos informací z Rady mistrů do prefektury a naopak. Pro výkon svého pověření je vybaven razítkem s označením prefektury.

Zemský prefekt zodpovídá Radě mistrů za činnost v dané zemi, kde je jmenován a rovněž za přenos informací na členskou základnu v té dané zemi a naopak. Zemský prefekt není orgánem ŘsH, tudíž účast na jednáních ŘsH všech typů je  dobrovolná, vyjma jarního a podzimního shromáždění.